Pain tiene el Dōjutsu del Rin'negan, de donde viene su poder increíble. Esta técnica fue original del Sabio de los Seis Caminos llamado Rikodou Sennin, el primer ninja del mundo y del que se afirma que es el "Creador del Ninjutsu Moderno". Las habilidades del Rin'negan son desconocidas en su totalidad pero permite al usuario utilizar todos los cinco tipos de chakra elemental, fuego, agua, rayo, tierra, viento. Además, permite a Pain ver todo lo que ven sus demás cuerpos, coordinándolos así a la perfección. Actualmente Nagato demostro que con ayuda de su Rin'negan el es capaz de usar una fuerza gravitacional capaz de repeler y atraer cualquier cosa, asi como controlar casi a cualquiera, siempre y cuando a su víctima se le pusiera unos piercings de chakra, que actuan como unos transmisores, con los cuales Nagato podía a la vez controlar el cuerpo y recibir la información.

Aldea: Aldea oculta entre la lluvia

Jutsus:

Rin'negan
Kuchiyose no Jutsu
Fūin jutsu: Genryū Kyū Fūjin
Ukojizai no Jutsu
Kyōmen Shūja no Jutsu
Shōten no Jutsu
Shinra Tensei
Fūton: Repusshō
Gentōshin no Jutsu
Bansho Tenin
Chibaku Tensei